El SINAP debe garantizar la conservación de una muestra representativa de cada uno de los ecosistemas identificados en el país. Sin embargo es difícil evaluar la representatividad ecológica de las áreas protegidas, debido principalmente a su dinámica complejidad.
La mayor parte de los estudios utilizan los sistemas de clasificación de formaciones vegetales, particularmente el de las Zonas de Vida de Holdridge. Este sistema de clasificación ha permitido al Sistema de Información Geográfica de la ANAM, estimar que de las 12 zonas de vida descritas para Panamá, 11 están representadas en el SINAP (ANAM, 1999a).
La única zona que aparentemente no está representada en el Sistema, es el bosque húmedo pre-montano, ya que esta zona fue sustraída de la Reserva Forestal de Chepigana. Se sospecha que quedan aún remanentes en la Reserva Privada de Punta Patiño y en el Parque Nacional Santa Fe.
De las once (11) zonas de vida que se encuentran en el SINAP, las más extendidas son las de bosque muy húmedo tropical y bosque húmedo tropical. En caso contrario, las que menos extensión poseen son las de bosque muy húmedo montano y el bosque seco tropical.
Este sistema de clasificación tiene serias limitaciones para describir la diversidad biológica de las áreas, por ejemplo no distingue entre los bosques húmedos tropicales del Darién y los de Bocas del Toro, cuyas composiciones de fauna y flora son distintas, estando la primera más relacionada con las de Sudamérica y la segunda con las de Centro y Norte América.
Vale la pena destacar que Panamá junto a Nicaragua son los países que más aportan áreas protegidas costeras al Sistema Centroamericano de Áreas Protegidas (SICAP) (ANAM, 1998). El SINAP cuenta además con áreas protegidas que tienen extensiones marinas, tal es el caso del Parque Nacional Coiba, el Parque Nacional Cerro Hoya, entre otras.
